CHU Montpellier

Laboratoire de génétique moléculaire: groupe neurosensoriel

Groupe :

  • Anne-françoise Roux , Pharm.D, Ph.D, HDR, PH
  • Corinne Baudoin
  • David Baux
  • Valérie Faugère
  • Melody Moclyn
  • Christel Vaché, Ph.D

Diagnostic Moléculaire:

  • Syndrome de Usher
  • Syndrome de Pendred
  • Surdités non syndromiques d'origine génétique récessives, dominantes et liées à l'X
  • Rétinites pigmentaires autosomiques récessives
  • Choroïdérémie

Biologie Moléculaire:

  • Séquençage Illumina: panel de 132 gènes
  • Maitrise des technologies Illumina Nextera, NimbleGen seqCap, Agilent SureSelect et SureSelect QXT pour la préparation des librairies
  • Analyse d'exomes et d'exomes cliniques
  • HRM (High Resolution Melting)
  • SNaPshot® Multiplex system
  • QMPSF (Quantitative Multiplex PCR of Short Fluorescent Fragments)
  • MLPA® (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification)
  • Array-CGH (Comparative Genomics Hybridization)
  • Analyse de transcrits (ARN, minigènes)

Bioinformatique:

  • nous maintenons un set de LSDB dédiés au syndrome de Usher    
  • Développement d'un outil web facilitant l'analyse des variants faux-sens identifié dans les gènes Usher, USMA (Usher Syndrome Missense Analysis)
  • Développement d'un outil web facilitant l'analyse des données issues de séquençage 454 en capture liquide, GSdot (GS data online treatment)
  • Développement d'un client SOAP pour mutalyzer en perl
  • Développement d'USHVaM et la suite complètement refondue USHVaM2, le système type LSDB maison (accès restreint, code source disponible sur demande, diaporama)
  • Développement d'un piepline maison d'analyse ADN NGS (nenufaar), utilisant SLURM à HPC@LR et au labo

Le groupe en 2016.

Nous avons en 2010 contribué à dater la mutation commune c.2299delG du gène USH2A (environ 6500 ans, Aller et al., 2010).

En 2010 encore nous démontrions la pertinence des prélèvements de cellules nasales pour analyser les transcrits issus des gènes Usher (Vaché et al., 2010).

En 2012 nous établissions des corrélations phénotype/génotype à partir d'une importante cohorte de patients atteint de syndrome de type II (Abadie et al., 2012).

Nous avons en 2012 décrit la première mutation intronique profonde menant à l'insertion d'un pseudo-exon dans un gène Usher. Cette mutation est maintenant la deuxième mutation la plus fréquente dans le syndrome de type II (Vaché et al., 2012).

En 2014 nous avons démontré la faisabilité du diagnositc moléculaire du syndrome de Usher en NGS (Besnard, García-García, Baux et al., 2014).

Meta-analyse des faux-sens issus de la base de données LOVD-USHbases pour les domaines Fibronectine type III de usherine (gène USH2A, Baux et al., 2014).

En 2015 nous avons utlisé le séquençage de gène complet (USH2A, 800kb) pour identifier de nouvelles mutations introniques profondes (Liquori et al., 2015).

En 2016 nous avons comparé la qualité de différentes méthodes de capture en NGS (García-García et al., 2016).

USHVaM 2 (base de données moléculaire interne) enregistre chaque run Illumina.

USHVaM 2 (base de données moléculaire interne) établi des statistiques en temps réel (ici les mutations responsables de surdité classées par gène).

USMA analyse tout faux-sens dans 9 gènes Usher, au niveau orthologue, des domaines, de la modélisation 3D (si disponible).

USMA analyse tout faux-sens dans 9 gènes Usher, au niveau orthologue, des domaines, de la modélisation 3D (si disponible).