NOM sec_st

Package sec_st

SYNOPSIS

        use sec_st;

        my $ss = $aa->getSecSt();

        création de l'objet structure secondaire

DESCRIPTION

new($nom, $seq)

        constructeur de classe.

        my $ss = sec_st->new($nature, $nomchain, $numstructure, $deb, $fin);

        crée une nouvelle structure secondaire (nature, numéro chaine, numéro structure, début de la structure (aa), fin de la structure (aa))

setNature($nature)

        modifie l'attribut nature avec $nature (0, 1 ou 2), avec

        0 = boucle, 1 = helice, 2 = feuillet

getNature()

        permet d'appeler l'attribut.

        print "Structure II : ".$ss->getNature()."\n";

        affiche  0, 1 ou 2

getNaturetostring()

        permet d'appeler l'attribut comprehensible pour l'humain.

        print "Structure II : ".$ss->getNaturetostring()."\n";

        affiche  loop, α helice  ou β strand

setNomChain($nomChain)

        modifie l'attribut nomchain

getNomChain()

        permet d'appeler l'attribut.

        print "Structure II (Chain): ".$ss->getNomChain()."\n";

setNumStructure($nomChain)

        modifie l'attribut numstructure - nature,

getNumStructure()

        permet d'appeler l'attribut.

        print "Structure II (Type): ".$ss->getNumStructure()."\n";

setDebut($pos)

        modifie l'attribut numstructure

getDebut()

        permet d'appeler l'attribut.

        print "Structure II (Beg): ".$ss->getDebut()."\n";

setFin($pos)

        modifie l'attribut numstructure

getFin()

        permet d'appeler l'attribut.

        print "Structure II (End): ".$ss->getFin()."\n";

setTaille($deb, $fin)

        modifie l'attribut numstructure

getTaille()

        permet d'appeler l'attribut.

        print "Structure II (Size): ".$ss->getTaille()."\n";

getPosInStrand($numaa)

        retourne la position grossière du résidu dans le brin (argument, numééro d'aa).

        print $ss->getposInStrand()."\n";

getPosInHelice($numaa)

        retourne la position grossière du résidu dans l'helice (argument, numééro d'aa).

        print $ss->getposInHelice()."\n";

getInteraction($wtaa, $mutaa, $aa1, $aa2, $sens)

        Analyse les interactions Sidechain-Sidechain au sein d'une hélice - appelle checki

        print $ss->getInteraction($wtaa, $mutaa, $aa1, $aa2, $sens)."\n";

        arguments: aa sauvage, aa muté, aa en position 3, aa en position 4 (tous objets), sens + ou -

checki($aa1, $aa2, $aa3, $sens)

        Détermine les énergies d'interaction potentielles entre les résidus au sein d'une hélice

        print $ss->checki($aa1, $aa2, $aa3, $sens)."\n";

        arguments: 3 objets acideamine, sens + ou -