NOM chaine

Package chaine

SYNOPSIS

        use chaine;

        my $chaine = $fich->getChaine();

        création de l'objet chaine

DESCRIPTION

new($nom, $seq)

        constructeur de classe.

        my $chaine = chaine->new($nomchain);

        crée une nouvelle chaine

setNomChain($nom)

        modifie l'attribut nomchain avec $nomchain.

getNomChain()

        permet d'appeler l'attribut.

        print "Chaine : ".$obj->getNomChain()."\n";

        affiche le nom de la chaine

setMolecule($nom)

        modifie l'attribut molecule

getMolecule()

        permet d'appeler l'attribut.

        print "Chaine : ".$obj->getMolecule()."\n";

        affiche la nature de la molecule

setSeq($seq)

        modifie l'attribut sequence avec la valeur de $seq.

getSeq()

        print "Séquence : ".$obj->getSeq()."\n";

        affiche la séquence de la chaine de dessus.

getNb()

        print "Taille : ".$obj->getNb()."\n";

        affiche la taille de la séquence.

setAcideAmine($seq)

        modifie l'attribut acideamine

getAcideAmine()

        my $objaa = $self->getAcideAmine($num)

        Retourne un objet AcideAmine correspondant au numero $num

nettoyageSequence($seq)

        Methode de classe, arrange les aa en sequence

nombreAcideAmine($seq)

        Methode de classe, calcul la taille de la séquence

        chaine::nombreAcideAmine($seq);

        modifie la valeur de l'attribut nbaa.

ajouterAcideAmine()

        Ajoute un acide amine à une chaine.

nbAA()

        my $nombre = $self->nbAA():

        renvoie le nomrbre d'acides amines de la chaine

nombreAtome()

        Calcul et renvoie le nombre d'atome par chaine.

getEnvironnement()

        $objchaine->getEnvironnement($residu_donne, $distance_donnee)

        renvoie toutes les intéractions qui existent entre le résidu donné et les residus de la chaine donnée et qui ont une distance inférieur a la distance donnée.

ecrireligne()

        $ligne .= $hash->{$chaine}->ecrireligne();

        écrit dans le fichier xyzrn les valeurs de x, y, z, le rayon de Van der Waals, le nom de la chaine, la nature de l'atome, le nome de l'acide aminé et son numéro.

trouverAtome()

        $atome = $hash->{$chaine}->trouverAtome($numAA, $nomA);

        recherche un atome donné dans la série d'atome initialisée

enfoui()

        $buried = $hash->{$chaine}->enfoui($numAA);

        regarde si un acide aminé est enfoui ou pas, si tous ces atomes ont une sas inférieur à 5 alors il est enfoui

ClashAcideAmine()

        my $clash_description = $self->ClashAcideAmine($aa1, $aa2, $dist);

        renvoie la liste des clashs stériques possibles entre 2 acide aminé donnés

ClashAcideAmineExhaust()

        my $clash_description = $self->ClashAcideAmine($aa1, $aa2, $dist);

        renvoie la liste des clashs stériques possibles entre 2 acide aminé donnés - les distances dependent cette fois de la variable de classe %DISTANCES fonction des atomes