NOM acideamine

Package acideamine

SYNOPSIS

        use acideamine;

        my $aa1 = acideamine->new($nomaa, $position, $struct);

        creates an "acideamine" object (amino acid)

DESCRIPTION

new($nom, $numero, $struct)

        Constructor

        my $aa1 = acideamine->new($nomaa, $position, $struct);

setNomAcideAmine()

        modifies the nature (three letter code)

getNomAcideAmine()

        print "Amino acid : ".$aa->getNomAcideAmine()."\n";

        returns the nature

setNumero()

        Modifies the position in the chain

getNumero()

        print "Amino acid number : ".$aa->getNumero()."\n";

        returns the position in the chain

setStructure()

        Modifies secondary structure

getStructure()

        print "Secondary structure : ".$aa->getStructure()."\n";

        returns : 1 for helices, 2 for strands and else 0

setNumStruc()

        Modifies secondary structure number

getNumStruc()

        print "Secondary structure number: ".$aa->getNumStruc()."\n";

getAtome()

        my $hash_ref = $self->getAtome()

        retourne une reference a un hashage contenant les objets atome composant le residu

getAtomeAccMoinsUn()

        my $at2 = $self->getAtomeAccMoinsUn($at)

        retourne un objet atome lie directement a l'atome accepteur

ajouterAtome()

        $aa->ajouteAtome($atome3);

        add an atom to the current amino acid

getAtome()

        my $tableau = $aa->getAtome();

        returns a table reference containing atom objects

isHelice()

        print $aa->isHelice()."\n";

        returns 1 if the amino acid belongs to an helice, else O

isSheet()

        print $aa->isSheet()."\n";

        returns 1 if the amino acid belongs to a beta sheet, else O

nombreAtome()

        print $aa->nombreAtome()."\n";

        returns the number of atom included in the amino acid

distanceAtome()

        print $aa1->distanceAtome($aa2)."\n";

        Calcul la distance entre les atomes de 2 acides aminés et renvoie la distance la plus courte.

distanceAtomeBary()

        my $distance = $hash->{$aa1}->distanceAtomeBary($hash->{$aa2});

        retourne la distance entre les barycentres de 2 aa

liaison_Hydrogene()

        $aa1->liaisonHydrogene($aa2);

        renvoie les liaisons hydrogènes entre 2 acides aminés, la distance doit se trouver entre 2.7 et 3.1 A.

liaison_Ionique()

        $aa1->liaisonIonique($aa2);

        renvoie les liaisons Ioniques entre 2 acides aminés avec une charge opposée, la distance doit se trouver entre '2.9' et '5.7'.

liaison_Hydrophobe()

        $aa1->liaisonHydrophobe($aa2);

        renvoie les liaisons hydrophobes entre 2 acides aminés hydrophobes, la distance doit etre inférieur à 3.3 A.

liaison_Disulfure()

        $aa1->liaisonDisulfure($aa2);

        renvoie les liaisons Disulfures (ou pont disulfure) entre 2 Cystéines, la distance doit se trouver entre 2.5 et 3.2 A.

ecrireligne()

        $ligne .= $hash->{$aa}->ecrireligne($self->getNomChain());

        écrit dans le fichier xyzrn les valeurs de x, y, z, le rayon de Van der Waals, le nom de la chaine, la nature de l'atome, le nom de l'acide aminé et son numéro.

trouverAtome()

        $atome = $hash->{$aa}->trouverAtome($nomA);

        recherche un atome donné dans la série d'atome initialisée

enfoui()

        atome = $hash->{$aa}->enfoui();

        regarde si un acide aminé est enfoui ou pas, si tous ces atomes ont une sas inférieur à 5 alors il est enfoui

isChargeMoins()

        $self->isChargeMoins();

        si l'acide aminé est chargé négativement alors il renvoie 1 sinon 0

isChargePlus()

        $self->isChargePlus();

        si l'acide aminé est chargé positivement alors il renvoie 1 sinon 0

isCharge()

        $AA->isCharge();

        renvoie la charge de l'acide aminé

isAromatique()

        $AA->isAromatique();

        renvoie les acides aminés aromatiques

isAliphatique()

        $AA->isAliphatique();

        renvoie les acides aminés aliphatiques

isPolaire()

        $AA->isPolaire();

        renvoie les acides aminés polaires

isHydrophobe()

        $AA->isHydrophobe();

        renvoie les acides aminés hydrophobes

getNCapPropensities()

        $self->getNCapPropensities($aa_mut);

        Analyse la propension au N-capping des résidus sauvages et mutants

getN1Propensities()

        $self->getN1Propensities($aa_mut);

        Analyse la propension a la position N1 des résidus sauvages et mutants

getN2Propensities()

        $self->getN2Propensities($aa_mut);

        Analyse la propension a la position N2 des résidus sauvages et mutants

getN3Propensities()

        $self->getN3Propensities($aa_mut);

        Analyse la propension a la position N3 des résidus sauvages et mutants

getinteriorPropensities()

        $self->getinteriorPropensities($aa_mut);

        Analyse la propension a la position interne des helices des résidus sauvages et mutants

getC3Propensities()

        $self->getC3Propensities($aa_mut);

        Analyse la propension a la position C3 des résidus sauvages et mutants

getC2Propensities()

        $self->getC2Propensities($aa_mut);

        Analyse la propension a la position C2 des résidus sauvages et mutants

getC1Propensities()

        $self->getC1Propensities($aa_mut);

        Analyse la propension a la position C1 des résidus sauvages et mutants

getCCapPropensities()

        $self->getCCapPropensities($aa_mut);

        Analyse la propension a la position CCap des résidus sauvages et mutants